Les principales menaces qui pèsent sur le lac Cohoha sont entre autres l?érosion et envasements dans le lac, des pollutions diverses, les surexploitations et mauvaises pratiques de pêche liée à l?existence de plusieurs portes d?entrée handicapant ainsi le contrôle, des irrégularités de pluies etc?L?association pour la Lutte contre les Violences Sexuelles faites aux femmes (ALVISEF-TWUBAHANE) voudrait protéger les eaux du lac Cohoha par des activités de production des plants pour reboisement de la ceinture constituant la zone tampon du lac à l?aide des espèces autochtones et d?autres espèces adaptées. Egalement, on fera la conservation des terres de la population environnante (le développement de l?agroforesterie sur les bassins versants), la diffusion des foyers améliorés qui économisent le bois de chauffe, le traçage des courbes de niveau avec des herbes fixatrices et la promotion de l?élevage bovin moderne.