La problemática reflejada en el Plan Estratégico de Desarrollo Integral del Aguaragüe ?Territorio indígena y Área Protegida?, elaborado por el Pueblo Guaraní y el SERNAP (2010-11) se sintetiza en los siguientes aspectos:

- Las familias y comunidades del Pueblo Guaraní presentan un alto grado de vulnerabilidad social y económica, debido a su limitado acceso y tenencia de tierra, lo que a su vez condiciona su producción de subsistencia y sus bajos ingresos; además, sus derechos colectivos así como sus demandas no son respetados y atendidas por las estructuras del Estado.

- Existe contaminación en las quebradas, ríos y otras fuentes de agua, ocasionada por la persistencia de los pasivos ambientales de la actividad petrolera, la mala disposición de residuos sólidos y aguas servidas, así como por el uso de excesivo de agroquimicos no biodegrables. También se evidencia una disminución de las fuentes agua a causa del incremento de la sequía como efecto de los cambios climáticos, la exploración, explotación y transporte de hidrocarburos, la perforación de pozos para la extracción de agua, el deterioro general de las cuencas por efecto de la extracción de áridos, la deforestacion y la construcción de obras civiles.

- Se puede verificar también el deterioro y erosión de suelos por la actividad de Hidrocarburos, las malas prácticas del uso de suelos y los incendios por chaqueos descontrolados. Asimismo, existe contaminación de suelos por efecto de los pasivos ambientales de la actividad petrolera, la mala disposición de residuos sólidos y aguas servidas y el uso excesivo de agroquímicos no biodegrables.

- También se advierte la pérdida de cobertura vegetal y la disminución de biodiversidad a causa de los incendios forestales, chaqueos, la actividad de la industria de los hidrocarburos, la extracción forestal sin manejo, la extracción excesiva de áridos, así como por la caza y pesca indiscriminada e intensiva.

Luego de muchos intentos fallidos realizados por diferentes instancias locales y del gobierno central para dotar al Parque de una institucionalidad que se haga cargo de su gestión, en el año 2008 se firma un convenio de coadministración entre el Pueblo Guaraní de Tarija, a través de sus organizaciones como el Concejo de Capitanes y las Capitanías Zonales de Yakuigüa, Karapari y Villa Montes, y el Servicio Nacional de Áreas Protegidas (SERNAP) con el objetivo central de consolidar la gestión del área y de garantizar el cumplimiento de sus objetivos de creación.

En el año 2009, el SERNAP realiza estudios preliminares para la identificación de aspectos estratégicos que permitan sentar las bases para la administración compartida y la gestión institucional del área. En el año 2010, el Pueblo Guaraní acuerda con el SERNAP y la cooperación internacional la realización de un Plan Estratégico para el área protegida y el territorio ancestral guaraní, como un instrumento de gestión con perspectiva integral y con una Evaluación Ambiental que permita mostrar los aspectos críticos que afectan la sostenibilidad del área. El Plan fue concluido en el año 2011 y actualmente está siendo implementado parcialmente, a través de la Dirección del área.

Sin embargo y pese a estos esfuerzos, hasta el presente el Aguaragüe no cuenta con el Plan de Manejo, aunque después de un proceso de movilización del pueblo guaraní como presión ante el gobierno, en demanda de solución a diferentes problemas como los pasivos ambientales de YPFB y las posibles afectaciones de los nuevos proyectos exploratorios de hidrocarburos, finalmente se ha comprometido el financiamiento para este instrumento fundamental para la gestión del área.

Por otra parte, la conformación del Comité de Gestión según lo establecido en el marco normativo vigente, ha seguido un camino similar ante las permanentes convocatorias de la co-administración a los actores locales para constituir esta instancia. Este aparente desinterés y falta de compromiso de las instituciones involucradas, es el reflejo de la dinámica que ha tomado el desarrollo en la región del chaco tarijeño, que vive actualmente una época de auge económico gracias a las regalías que generan los hidrocarburos precisamente. Bajo esta coyuntura se ha impuesto hasta ahora una lógica de crecimiento a partir de megaproyectos de infraestructura, una abultada burocracia y un desmedido gasto corriente, todo en desmedro de una perspectiva de un desarrollo sustentable a largo plazo, que apunte a solucionar los problemas estructurales que tiene el chaco, como el agua y la provisión de otros servicios, así como la diversificación productiva y el propio desarrollo humano, en base a los potenciales y las condiciones naturales de la región.

Pese a este escenario con factores adversos, existen bases importantes para avanzar en los instrumentos ya mencionados, que necesita el área para fortalecer su gestión. El pasado año 2012, la Asamblea Regional del Gobierno Autónomo del Gran Chaco de Tarija, ha aprobado el primer Plan de Desarrollo Regional 2013-2017 que debe ser ejecutado por las instancias ejecutivas actuales y aquellas que sean creadas por el Estatuto Autonómico Regional que se encuentra en su fase de concertación y aprobación. Como un componente central de este plan, se considera la sustentabilidad ambiental que depende, en parte, de la conservación del patrimonio natural chaqueño, del cual forma parte principal el Aguaragüe. Por esta razón, se ha previsto el apoyo económico e institucional para la protección del área y la elaboración del plan de manejo respectivo.

Por tanto y en razón de los problemas y las amenazas crecientes sobre el Parque Aguaragüe, se propone promover la gestión y manejo del mismo, desde la perspectiva y la participación efectiva de los actores locales y la concurrencia de las instituciones públicas y de la sociedad civil de la región