Toda la cuenca ha perdido su cobertura boscosa natural, solo quedan pequeños relictos de bosque en las galerías de los ríos principales y en el manglar. El resto de la cobertura forestal son bosques secundarios muy intervenidos en la parte alta de los cerros, relictos de bosques muy fragmentados, café con sombra, árboles frutales y reforestación con teca. Por lo tanto recuperar bosques secundarios, establecer conectividad entre ellos, mantener y aumentar la cobertura boscosa de las orillas de los ríos y sobre todo del sistema de manglares en la desembocadura del río Jesús María, son acciones claves para generar condiciones para la recuperación de la cuenca.

El Centro Agrícola Cantonal de Esparza es una de las organizaciones presentes en la cuenca, que aglutina a más de 900 productores presenta la siguiente propuesta denominada ?Reforestación con árboles frutales y maderables en la cuenca del Río Jesús María?, que tiene por objetivo ?Contribuir con la recuperación de las áreas degradas en toda la cuenca del Río Jesús María mediante la reforestación con especies de árboles maderables autóctonos de la región y especies de árboles frutales que provean a medio plazo la continuidad de actividades productivas y el mejoramiento de las condiciones de vida de los pobladores.
La iniciativa se implementará en toda las comunidades de la cuenca: Río Jesús, Berlín, Llano Brenes, Pato Gallo, Estanquillos. Desmonte, La Libertad, Dulce Nombre, Maderal, San Mateo, Higuito, Jesús María, Labrador, Barón, Quebrada Honda y otras. Como metodología para la selección de los participantes del proyecto, se tomo como base el diagnóstico y conocimiento del personal del ASA-San Mateo que tiene más de 20 años de trabajo en la región. En total estarán participando más de 300 productores pertenecientes a las comunidades antes citadas.

Con la implementación de esta iniciativa se espera: recuperar material vegetativo de especies frutales utilizadas y experimentadas en la zona que han tenido alto rendimiento por parte de los productores que las han implementado, se espera la siembra de 80.000 árboles frutales de las siguientes especies: mango, marañón, níspero, zapote, guanabana, caimito, cas, guayaba, cítricos, aguacate de altura y más de 10.000 árboles maderables. Para la implementación de la reforestación con árboles frutales se estableció un convenio o acuerdo de cooperación entre el ICE-CACE. Se espera con esta iniciativa: un aumento de la cobertura del suelo y de la captura de CO?, mejora del paisaje rural y áreas bajo manejo sostenible, y en largo plazo se espera que el proyecto impacte positivamente el nivel de ingresos de las familias, por medio de los frutos de los árboles sembrados sean comercializados.