El proyecto entiende la participación como un proceso político, democrático y pedagógico. De esta manera se espera que las capacidades desarrolladas permitan a las Comunidades Nativas Junín Pablo y Nueva Yarina avanzar hacia el desempeño de un rol protagónico en el aprovechamiento de plantas medicinales. El reconocimiento y respeto de los mecanismos internos de las comunidades indígenas para la toma de decisiones, así como la generación de otros de manera consensuada entre las organizaciones de las dos comunidades beneficiarias y la entidad ejecutora de este proyecto permitirá inicialmente un mayor acercamiento de la población hacia la propuesta y el progresivo empoderamiento de la misma. Por lo tanto es imprescindible generar y aprovechar los espacios de opinión y decisión, ya existentes, durante la planificación y ejecución de las diferentes actividades, por ejemplo las asambleas comunales donde la población se informará y decidirá con relación a las actividades que los involucrará directamente; asimismo los talleres donde se reconstruirá su memoria colectiva acerca del uso de plantas medicinales. La participación de las familias beneficiarias implica ser actores proactivos en el proceso de toma de decisiones y asumir una responsabilidad compartida con el proyecto para la planificación y ejecución de las actividades en las que se encuentran directamente involucradas como son la promoción del uso de plantas medicinales, las labores de implementación y mantenimiento de los huertos de propagación y parcelas agroforestales y capacitaciones. Se espera que los lineamientos de aprovechamiento comunal de plantas medicinales elaborados por los beneficiarios generen un efecto multiplicador que sean gradualmente incorporados por el resto de la comunidad en sus prácticas culturales. La comunidad en general se articula a la organización de los beneficiarios a través de un Equipo de Monitoreo Comunal integrado por un comunero y una comunera, preferentemente jóvenes, que no ocupen ningún cargo dirigencial y que destaquen por su interés y participación en la gestión para el desarrollo de sus comunidades. El rol que cumplirán estos equipos (uno por Comunidad Nativa) es observar e informar en asamblea comunal los avances, logros y dificultades del Comité de Gestión con el objetivo de facilitar el involucramiento del resto de la comunidad. Este Equipo de Monitoreo garantiza que los beneficiarios hagan un uso eficiente de los recursos. La participación de hombres y mujeres en el aprovechamiento de las plantas medicinales está en función a sus intereses y necesidades en relación con este recurso, los cuales pueden ser diferentes. En este sentido el proyecto aplicará el enfoque de género para analizar y promover la participación equitativa de mujeres y varones durante todas las actividades orientadas al aprovechamiento sostenible (implementación de los huertos de propagación, parcelas agroforestales, etc.) El proyecto entiende la interculturalidad como las relaciones basadas en la tolerancia y el respeto mutuo que permite la valoración de las culturas que interactúan. En ese sentido las actividades planteadas permitirán la recuperación, revalorización y reconocimiento del saber tradicional y lo articularán con el conocimiento no indígena de tal manera que la población involucrada tenga una participación activa que afirme su identidad Shipibo Konibo. Para asegurar la participación de los niños, adolescentes, jóvenes, e indirectamente a los padres de éstos, se trabajará con los centros educativos de ambas comunidades para algunas actividades de promoción. De esta forma se evidencia un enfoque intergeneracional en la propuesta del proyecto. Las estrategias comunicativas contempladas en las actividades son una herramienta clave para incorporar a las autoridades y organizaciones comunales, las instituciones con presencia en la comunidad (Centro de Salud, Iglesia Evangélica, otras ONGs) en la dinámica del proyecto. Para este fin se utilizarán los medios de comunicación comunal (altoparlantes, etc.) los que se complementarán con los elaborados desde el proyecto (cartillas, etc.) El uso de estas estrategias garantizará una participación informada, fortaleciendo los espacios de decisión y logrando decisiones asertivas.

El proyecto pretende contribuir a mejorar la calidad de vida del pueblo Shipibo Konibo desarrollando capacidades tanto en varones como en mujeres para la conservación y el aprovechamiento de recursos genéticos, además de recuperar el conocimiento ancestral acerca de los mismos.